Фильм начинается с внезапной смерти второго сёгуна династии Токугава Хидэтада. Вскоре после этого его старший сын Иэмицу узнаёт, что отец умер не своей смертью. Он был отравлен учителем фехтования Ягю Тадзима, поскольку собирался сделать своим наследником второго сына Таданагу. Преданный своему воспитаннику Иэмицу, честолюбивый и безжалостный Ягю отравляет Хидэтаду, чтобы не допустить такого поворота событий. Подозрения в насильственной смерти сёгуна приводят к тому, что начинается борьба за престол.
Таданага и его сторонники (в том числе и князь Овари) пытаются доказать виновность Иэмицу в смерти отца. Но поскольку доказательств у них нет, то они со своими дружинами в знак протеста оставляют замок сёгунов в Эдо. Иэмицу должен быть объявлен сёгуном Указом императора. Однако императорский двор начинает свою игру. Придворные императора сталкивает сыновей покойного сёгуна в попытке прекратить правление самураев и уничтожить сёгунат Токугава. С этой целью двор медлит с выдачей мандата на титул сёгуна. Чтобы дискредитировать Таданагу и заставить императора выдать мандат на титул сёгуна Иэмицу, Ягю Тадзима устраивает провокацию.
Наёмники-ниндзя провоцируют сторонников Таданаги напасть на кортеж Иэмицу, в котором находился посланник императора. Самого Иэмицу в числе путников не оказывается, но посланник императора гибнет в схватке. Ответственность за это ложится на Таданагу. Ягю приказывает уничтожить весь клан ниндзя, чтобы скрыть правду, и празднует победу, поскольку Иэмицу был объявлен третьим сёгуном Токугава. Но Ягю оказался не в состоянии учесть то обстоятельство, что его собственный сын, Дзюбей, состоял в близких отношениях с людьми уничтоженного клана ниндзя. Драматический конфликт шекспировского масштаба завершает фильм.
Более подробную информацию о фильме "Самурай сёгуна" можете посмотреть
на кинопоиске.